Online dating بینش های پالئومولوژیکی به ریشه های تنوع انگور فرانسوی

Online dating بینش های پالئومولوژیکی به ریشه های تنوع انگور فرانسوی

Online dating

De Beste Datingsites

چکیده

انگور اوراسیایی ( Vitis vinifera ) به مدت طولانی برای تولید شراب و نیز منبع غذایی اهمیت دارد. علیرغم تکثیر سلولهای انسانی، ارقام مدرن دارای تنوع مورفولوژیکی و ژنتیکی زیادی هستند و هزاران تن از گونه های موجود در پرونده های تاریخی و همزمان به آن پرداخته شده است. از طریق گزارش های تاریخی، برخی از ارقام را می توان به قرون وسطی کشف کرد، اما ارتباطات ژنتیکی بین انگور باستانی و مدرن هنوز معلوم نیست. در حال حاضر داده های تعمیم یافته ژنوم غنی شده هدف از 28 بذر انگور باستان شناسی به قرون آهن، دوران رومی و دوره قرون وسطی ارائه شده است. در مقایسه با نمونه های داخلی و وحشی، ما دریافتیم که نمونه های باستان شناسی، نزدیک به ارقام اروپای غربی که برای آب گیری امروزه استفاده می شود، نزدیک است. ما دانه هایی با نشانه های ژنتیکی مشابه در سایت های مختلف رومی و دانه های همبستگی والدین و فرزندان با گونه های رشد شده امروز را شناسایی کردیم. علاوه بر این، ما کشف کرد که یک دانه مورخ به ~ 1100 م یک مسابقه ژنتیکی به Savagnin بلان بود، ارائه شواهد برای 900 سال انتشار رویشی بی وقفه.

گزینه های دسترسی گزینه های دسترسی

عضویت در مجله

دسترسی کامل مجله را برای 1 سال دریافت کنید

78،65 €

تنها 6،55 € برای هر موضوع

تمام قیمت ها شامل مالیات بر ارزش افزوده برای هلند می باشد.

اجاره یا خرید مقاله

دسترسی به مقالات محدود یا کامل در ReadCube را دریافت کنید.

از $ 8.99

همه قیمت ها NET قیمت.

در دسترس بودن داده ها

داده های توالی تولید شده در این مطالعه در آرشیو خواندن NCBI دنباله در زیر مرجع PRJNA489970 موجود است . اطلاعات ژنوتیپ در مخزن figshare موجود در: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7610987 .

اطلاعات اضافی

اطلاعات نقد و بررسی همکاران : گیاهان طبیعت با تشکر از دیوید کارامللی، الیزابت زیمر و دیگر متخصصان ناشناس، برای کمک به بررسی همکار این اثر.

نکته ناشر: Springer طبیعت با توجه به ادعاهای قضایی در نقشه های منتشر شده و وابستگی های نهادی باقی می ماند.

منابع

  1. 1

    Myles S. et al. ساختار ژنتیکی و تاریخ زایمان انگور. Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده 108 ، 3530-3535 (2011).

  2. 2

    Olmo، HP در تکامل گیاهان زراعی (eds Smartt، J. & Simmonds، NW) 485-490 (Longman Scientific & Technical، 1995).

  3. 3

    Zohary، D.، Hopf، M. & Weiss، E. Homogenization of Plants in the Old World: منشاء و گسترش گیاهان داخلی در جنوب غربی آسیا، اروپا و حوزه دریای مدیترانه (Oxford Univ. Press، 2012).

  4. 4

    McGovern، PE شراب باستانی: جستجو برای ریشه های کشت و صنعت (Princeton Univ. Press، 2003).

  5. 5

    مک گاورن، P. و همکاران. شراب نوسنگی اولیه گرجستان در قفقاز جنوبی. Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده 114 ، E10309-E10318 (2017).

  6. 6

    Goldschmidt، EE تکامل عملکرد درخت میوه: بررسی. اقتصاد بت 67 ، 51-62 (2013).

  7. 7

    Hartmann، HT، Kester، DE & Davies، انتشارات FT Plant: Principles and Practices (Prentice-Hall، 1997).

  8. 8

    Janick J.، در بررسی های اصلاح نژاد گیاهان (ویرایش Janick، J.) 255-321 (John Wiley & Sons، 2010).

  9. 9

    این، P.، Lacombe، T. و توماس، M. منشا تاریخی و تنوع ژنتیکی انگور شراب. روند نسل 22 ، 511-519 (2006).

  10. 10

    بوبی، L. و همکاران. بینش شناسی بنیادین شناسی در فرآیند جویدن انگور ( Vitis vinifera L.) در دوران روم در جنوب فرانسه. PLoS ONE 8 ، e63195 (2013).

  11. 11

    رنفور، JM در شراب: اکتشاف علمی (eds Sandler، M. & Pinder، R.) 56-69 (CRC Press، 2003).

  12. 12

    McGovern، PE و همکاران. شروع زینتی در فرانسه Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده 110 ، 10147-10152 (2013).

  13. 13

    Bostock، J. & Riley، HT تاریخ طبیعی Pliny (تیلور و فرانسیس، 1855).

  14. 14

    Royer، C. در La Vigne et le Vin (ed. La Manufacture et la Cite des Sciences et de industrie) 15-25 (Graficas، 1988).

  15. 15

    Figueiral، I.، Bouby، L.، Buffat، L.، Petitot، H. & Terral، J.-F. Archaeobotany، تولید انگور و تولید شراب در روم در جنوب فرانسه: سایت Gasquinoy (Béziers، Hérault). J. Archaeol. علم 37 ، 139-149 (2010).

  16. 16

    Terral J.-F. و همکاران تکامل و تاریخ انگور ( Vitis vinifera ) تحت دامداری: دیدگاه های مورفومتری جدید برای درک سندرم تجدید حیات بذر و شناسایی ریشه های ارقام اروپایی باستان. ان بت 105 ، 443-455 (2010).

  17. 17

    Bacilieri، R. و همکاران. پتانسیل ترکیب مورفومتری و اطلاعات DNA باستان به منظور بررسی اهلی کردن انگور. گیاهی هیست Archeobot 26 ، 345-356 (2016).

  18. 18

    Cappellini E. et al. مطالعه چند رشته ای از دانه های انگور باستان شناسی. Naturwissenschaften 97 ، 205-217 (2010).

  19. 19

    مانن، J.-F. و همکاران Microsatellites از باستان شناسی بذر Vitis vinifera اجازه می دهد تا تخصیص اولیه به ارقام جغرافیایی ارقام باستانی است. J. Archaeol. علم 30 ، 721-729 (2003).

  20. 20

    ولز، N. و همکاران. محدودیت ها و پتانسیل تکنیک های پالئولومومیک برای بازسازی انگور زینتی انگور. J. Archaeol. علم 72 ، 57-70 (2016).

  21. 21

    Laucou، V. و همکاران. تجزیه و تحلیل تنوع تمدید VIPS vinifera انگور کشت شده با SNP 10K ژنوم. PLoS ONE 13 ، e0192540 (2018).

  22. 22

    بریگز، AW و همکاران. الگوهای آسیب در توالی ژنوم DNA از Neandertal. Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده 104 ، 14616-14621 (2007).

  23. 23

    مالاسپیناس، A.-S. و همکاران bammds: یک ابزار برای ارزیابی نسبیت داده های ژنوم عمیق با استفاده از مقیاس چند بعدی (MDS). بیوانفورماتیک 30 ، 2962-2964 (2014).

  24. 24

    ژو، ی.، Massonnet، M.، Sanjak، JS، Cantu، D. & Gaut، BS ژنومیک تکاملی انگور ( Vitis vinifera ssp. vinifera ) اهلی کردن. Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده 114 ، 11715-11720 (2017).

  25. 25

    دی ژنوا، A. و همکاران. مقایسه ژنوم کل بین انگور قرمز و شراب نشان می دهد یک کاتالوگ جامع از انواع ساختاری. BMC Plant Biol. 14 ، 7 (2014).

  26. 26

    کاردون، MF و همکاران تنوع ساختاری بین گونه ای در ژنوم انگور. کارخانه J. 88 ، 648-661 (2016).

  27. 27

    الکساندر، DH، Novembre، J. & Lange، K. برآورد پایه مبتنی بر مدل اجدادی در افراد غیر مرتبط. ژنوم Res. 19 ، 1655-1664 (2009).

  28. 28

    Jørsboe، E.، Hanghoj، K. و Albrechtsen، A. fastNGSadmix: نسبت مخلوط و تجزیه و تحلیل مولفه اصلی از یک نمونه NGS واحد. بیوانفورماتیک 33 ، 3148-3150 (2017).

  29. 29

    Manichaikul، A. و همکاران. استنتاج روابط قوی در مطالعات ارتباط ژنوم. بیوانفورماتیک 26 ، 2867-2873 (2010).

  30. 30

    Korneliussen، TS & Moltke، I. NgsRelate: یک ابزار نرم افزاری برای برآورد وابستگی زوج از داده های توالی نسل بعدی است. بیوانفورماتیک 31 ، 4009-4011 (2015).

  31. 31

    Bleckmann، A.، Alter، S. & Dresselhaus، T. آغاز یک بذر: مکانیسم های قانونی دو بار کودکی. جبهه علم گیاهی 5 ، 452 (2014).

  32. 32

    عبادی، A.، Sedgley، M.، May، P. & Coombe، BG توسعه بذر و سقط جنین در Vitis vinifera L.، cv. چاردونه بین المللی J. Plant Sci. 157 ، 703-712 (1996).

  33. 33

    Cadot، Y.، Miñana-Castelló، MT & Chevalier، M. تغییرات تشریحی، histology و histochemical در دانه های انگور از Vitis vinifera L. cv Cabernet franc در طول رشد میوه. J. Agric. مواد شیمیایی 54 ، 9206-9215 (2006).

  34. 34

    بورسیکوت، جی. در لو Chauteau -Chalon: وین، پسر Terroir et ses Hommes (eds Berthet-Bondet J. & Roulière-Lambert M.-J.) 46-55 (ماتا جورا، 2013).

  35. 35

    Lacombe، T. et al. تجزیه و تحلیل والدین در مقیاس بزرگ در مجموعه گسترده ای از ارقام انگور ( Vitis vinifera L.). تئوری کاربرد جنت 126 ، 401-414 (2013).

  36. 36

    Regner، R.، Stadlhuber، A. & Kaserer، H. ملاحظات در مورد تکامل انگور و نقش ترامینر. Acta Hortic. 528 ، 179-184 (2000).

  37. 37

    Bowers، JE، Siret، R.، Meredith، CP، این، P. & Boursiquot، J.-M. یک پدر و مادر تنها برای یک گروه از انگور در شمال شرقی فرانسه پیشنهاد شده است. Acta Hortic. 5281 ، 129-132 (2000).

  38. 38

    Galet، P. دیکشنری Encylcopédique des Cépages et de leurs مترادف (Libre et Solidaire ، 2015).

  39. 39

    Périsset، Z. Histoire de la Vigne et du Vin en Valais: des Origins à nos Jours (Infolio، 2010).

  40. 40

    رابینسون، جی. هاردینگ، جی. ووویلاموز، جی. انگور انگور: راهنمای کامل به 1368 تن از جمله انگور و طعم آن (Ecco، 2012).

  41. 41

    Mascher، M. et al. تجزیه و تحلیل ژنومی از دانه های کشت شده 6،000 ساله، تاریخ سیب زمینی جو را نشان می دهد. نات جنت 48 ، 1089-1093 (2016).

  42. 42

    راموس مادریال، جی. و همکاران. توالی ژنوم یک ذغال سنگ 5310 ساله، بینش را در مراحل اولیه زادآوری ذرت ارائه می دهد. سر و صدا Biol 26 ، 3195-3201 (2016).

  43. 43

    Vallebueno-Estrada، M. et al. اولین زیتون از San Marcos Tehuacan یک زوال عقلانی با شواهد ژنومی مربوط به زاد و ولد است. Proc ناتال Acad. علم ایالات متحده آمریکا 113 ، 14151-14156 (2016).

  44. 44

    Malenica، N. و همکاران. تکثیر ژنوم کل و ژنوتایپ های میکروسکوئیدی DNA هرباریم شناسایی یک رقم انگور انگور را نشان دادند. Naturwissenschaften 98 ، 763-772 (2011).

  45. 45

    فولر، DQ طولانی و ضعیف: روند مقایسه در جذب میوه های درختی. گیاهی هیست Archeobot 27 ، 165-176 (2018).

  46. 46

    Wales، N.، Andersen، K.، Cappellini، E.، Ávila-Arcos، MC & Gilbert، MTP بهینه سازی بازیابی DNA و تقویت باقی مانده از archeobotanical غیر کربنیزه شده است. PLoS ONE 9 ، e86827 (2014).

  47. 47

    ولز، N. و همکاران. بینش جدید درباره تهیه کتاب DNA تک رشته ای و دو رشته ای برای DNA باستان. Biotechniques 59 ، 368-371 (2015).

  48. 48

    Schubert، M.، Lindgreen، S. & Orlando، L. AdapterRemoval v2: برش سریع آداپتور، شناسایی و خواندن ادغام. BMC Res یادداشت ها 9 ، 88 (2016).

  49. 49

    Canaguier، A. et al. یک نسخه جدید از مجمع ژنوم مرجع انگور (12X.v2) و حاشیه نویسی آن (VCost.v3). ژنوم داده ها 14 ، 56-62 (2017).

  50. 50

    Jansen، RK و همکاران. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک از Vitis (Vitaceae) بر اساس توالی ژنوم کلروفلاست کامل: اثرات نمونه برداری تاکسون و روش های فیلوژنتیک بر حل روابط بین روده ها. BMC Evol. Biol 6 ، 32 (2006).

  51. 51

    Goremykin، VV، Salamini، F.، Velasco، R. & Viola، R. DNA از Vitis vinifera DNA میتوکندری و مسئله انتقال ژن افقی شایع. مول. Biol Evol 26 ، 99-110 (2008).

  52. 52

    لی، H. و Durbin، R. اصطلاح کوتاه و سریع دقیق با تبدیل Burrows-Wheeler. بیوانفورماتیک 25 ، 1754-1760 (2009).

  53. 53

    شوبرت، M. و همکاران. بهبود DNA باستان خواندن نقشه برداری در برابر ژنوم مرجع جدید. BMC Genomics 13 ، 178 (2012).

  54. 54

    DePristo، MA و همکاران. یک چارچوب برای کشف تغییر و ژنوتیپ با استفاده از داده های توالی DNA نسل بعدی. نات جنت 43 ، 491-498 (2011).

  55. 55

    لی، H. و همکاران. ترتیب الحاق / نقشه قالب و SAMtools. بیوانفورماتیک 25 ، 2078-2079 (2009).

  56. 56

    کاتالوگ تنوع بین المللی Vitis (JKI، دسترسی به 7 ژانویه 2019)؛ www.vivc.de

  57. 57

    Korneliussen، TS، Albrechtsen، A. & Nielsen، R. ANGSD: تجزیه و تحلیل داده های توالی نسل بعدی. BMC Bioinformatics 15 ، 356 (2014).

  58. 58

    چانگ، و همکاران نسل دوم PLINK: افزایش به چالش از مجموعه داده های بزرگتر و غنی تر. گیگز علوم 4 ، 7 (2015).

مراجع دانلود

سپاسگزاریها

ما از مرکز ملی توزیع توانمندی ملی دانمارک برای کمک به تولید اطلاعات توالی استفاده می کنیم. این پروژه توسط شورای تحقیقات مستقل دانمارکی (10-081390) و بنیاد پژوهشی ملی دانمارک (DNRF94) تأمین مالی شده است. LB و RB توسط آژانس تحقیقاتی فرانسه (VINICULTURE project-ANR-16-CE27-0013) پشتیبانی شد. ما از مدیران علمی و فنی زیر و موسسات مربوطه برای تهیه مواد باستان شناسی مورد استفاده در این پروژه و همچنین اطلاعات متنی: پ. بلانچارد (Inrap، سایت: La Madeleine)، E. Verdel (Isère Patrimoine، Site: Colletière)، H. Pomarèdes (Inrap، سایت: Mas de Vignoles XIV و La Lesse-Espagnac)، O. Ginouvez (Inrap، سایت: Terrasses de Montfau)، R. Bourgaut (Comunale d’Agglomération du Bassin de Thau، site: Roumèges) P. Flotte (Archéologie Alsace، site: Horbourg-Wihr)، M. Compan (Inrap، site: Mont Ferrier)، I. Daveau (Inrap، site: Cougourlude) و C. Tardy (Inrap). ما همچنین از کنسرسیوم GrapeReSeq برای دسترسی سریع به اطلاعات ژنوتایپ سپاسگزاریم. در نهایت، ما از JV Moreno-Mayar، S. Gopalakrishnan، FG Vieira، D. Maghradze و A. Schlumbaum تشکر می کنیم.

اطلاعات نویسنده

وابستگی

  1. موزه تاریخ طبیعی دانمارک، دانشگاه کپنهاگ، کپنهاگ، دانمارک

    • جاسمین راموس مادیگال
    • ، آن کاترین ویبورگ رنهج
    • ، خوزه آلفردو سامانیگو کاسترویتا
    • ، بنت پترسن
    • توماس Sicheritz-Pontén
    • ، م. توماس پیل گیلبرت
    • و ناتان ولز
  2. BioArCh، گروه باستان شناسی، دانشگاه York، York، UK

    • آن کاتریین ویبورگ رانگ
    • و ناتان ولز
  3. ISEM-UMR 5554، CNRS-IRD-EPHE دانشگاه مونپلیه، مونپلیه، فرانسه

    • لوران بوبی
  4. UMR AGAP، Université Montpellier، CIRAD، INRA، Montpellier SupAgro، مونپلیه، فرانسه

    • تیری لاکومب
    • ، پاتریس این
    • و روبرتو باسیلی
  5. URGI، Unit de Recherche Génomique-Info، UR1164، INRA، Université Paris-Saclay، ورسای، فرانسه

    • آن فرانسیسازی آدام بلاندون
  6. Inrap، Mediterranée و ISEM-UMR 5554، CNRS-IRD-EPHE دانشگاه مونپلیه، مونپلیه، فرانسه

    • ایزابل فیبیالال
  7. دفتر مطالعات Hadès، Laboratoire TRACES-UMR 5608 (پله Terrae) -UT2J، تولوز، فرانسه

    • شارلوت هالوند
  8. Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (CSIC-UR-Gobierno de La Rioja)، Logroño، اسپانیا

    • خوزه م. مارتینز زاپاتیر
  9. GéoArchEon Sarl، Laboratoire Chrono-Environnement-UMR 6249، Université de Franche Comté، Besançon، France

    • کارولین شال
  10. جولیوس Kühn-Institut Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen، Institut für Rebenzüchtung Geilweilerhof، Siebeldingen، آلمان

    • راینهارد تپفر
  11. مرکز عالی برای ارزیابی بیولوژیک محاسباتی Omics، دانشکده علوم کاربردی، AIMST University، Kedah، Malaysia

    • بنت پترسن
    • & Thomas Sicheritz-Pontén
  12. موزه دانشگاه NTNU، تروندهایم، نروژ

    • م. توماس پیل گیلبرت
  13. گروه زیست شناسی گیاهی و میکروبی، دانشگاه کالیفرنیا، برکلی، CA، USA

    • ناتان ولز
  14. Laboratoire d’Anthropobiologie Moléculaire et d’Imagerie de Synthèse، CNRS UMR 5288، دانشگاه پل سابتییر، تولوز، فرانسه

    • ناتان ولز

نویسندگان

  1. جستجو برای Jazmín Ramos-Madrigal در:

  2. جستجو برای آن کاترین ویبورگ رانگ در:

  3. جستجو برای لاورن بوبی در:

  4. جستجو برای Thierry Lacombe در:

  5. جستجو برای خوزه آلفردو سامانیگو کاسترویتا در:

  6. جستجو برای آن-فرانسوا آدام بلاندون در:

  7. جستجو برای ایزابل فیگوئیرال در:

  8. جستجو برای Charlotte Hallavant در:

  9. جستجو برای خوزه م. مارتینز زاپاترو در:

  10. جستجو برای Caroline Schaal در:

  11. جستجو برای Reinhard Töpfer در:

  12. جستجو برای Bent Petersen در:

  13. جستجو برای توماس سیچریتس-پونتن در:

  14. جستجو برای Patrice این در:

  15. جستجو برای روبرتو باسیلی در:

  16. جستجو برای M. Thomas P. Gilbert در:

  17. جستجو برای ناتان ویلز در:

مشارکتها

این پروژه توسط NW، MTPG، RB و LB طراحی شده است و به رهبری NW و MTPGJASC، AKWR، RB و NW، روش تجربی غنی سازی را با ورودی های JMM-Z، RT و A.-FA-BAKWR طراحی کرده است. aDNA با ورودی از NWJR-M، AKWR، RB و NW استراتژی تجزیه و تحلیل را طراحی کرده است. JR-M تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با کمک BP و TS-P انجام شد. و ورودی از NW، MTPG و RBJR-M، NW، MTPG، RB، LB، TL و PT نتایج را تفسیر کرد. LB، IF، CS و CH مواد باستان شناسی را احیا کرد. JR-M، NW و MTPG مقاله را با ورودی RB، LB و TL و سایر نویسندگان نوشت. همه نويسندگان مقاله را اصلاح، ویرایش و پذیرفته اند. بودجه اولیه توسط MTPG به دست آمد

منافع رقابتی

نویسندگان اظهار کردند که هیچ علاقه ای به رقابت ندارند.

نویسندگان متقاضی

نامه به M.Tomasz Gilbert یا Nathan Wales .

اطلاعات تکمیلی

اطلاعات تکمیلی

روش های تکمیلی، تکمیلی Ref div> section>

section> span> div> div> بخش “aria-labelledby =” article-info “>

درباره این مقاله h2>
online dating با تایید ارز و اصالت از طریق CrossMark IMG> کنید DIV> DIV> DIV> DIV> بخش>                                                                                                                                                           span>                      div>
٪٪ item_read_more_button ٪٪

Plaats een reactie